Le village faisait partie de la seigneurie d'Altkirch acquise, avec le Comté de Ferrette, par les Habsbourg en 1324 et devient siège d’une seigneurie. , puis quelques années plus tard ,du bailliage du Haut-Landser.
Situé quelque peu à l'écart des grands axes. La vie y est rythmée par les saisons et le travail des champs et vergers qui ceinturent le village. Le village n'est cependant pas fermé au progrès. la municipalité qui entretenait un instituteur depuis des décennies, décide de construire une école en 1839 et d'acquérir une pompe à incendie en 1865.
L'après-deuxième guerre mondiale sera également l'époque des grands chantiers municipaux: l'adduction d'eau dès 1945, suivie de la réalisation d'un bassin, réserve d'eau en 1949, création du Centre de secours en 1949, assainissement et trottoirs en 1956/1957, nouvelle école en 1959, éclairage public en 1966, remembrement rural en 1969, nouveau réservoir d'eau en 1972, lotissement en 1974, extension de l'école en 1980, informatisation de la mairie en 1984, acquisition d'un fourgon-pompe en 1987, réalisation d'un regroupement pédagogique en 1991 en collaboration avec Magstatt-le-Haut, extension du local des pompiers en 1992.
Magstatt-le-Bas évoquent un projet de construction d'une salle communale dès 1976. Des projets successifs restent dans les cartons. En 2004, l'entreprise Spittler décide d'arrêter son activité de menuiserie à Magstatt-le-Bas pour la concentrer à Sierentz, où elle est installée depuis de maintes années.
Le village est également le berceau de Charles Zumstein (1867-1963), radiesthésiste, dramaturge, poète paysan, chantre du Sundgau.
C'est aussi à Magstatt-le-Bas qu'est né le curé A. Kessler (1877-1955), fondateur du « Neuer Elsasser Kalender », historien local.
L'artiste-peintre Jean-Wolfgang Hauwiller s'était établi dans ce village, où il a épousé une dame Rapp de Magstatt-le-Haut.
Plus récemment, Delphine Wespiser, née en 1992. Elle a été élue successivement Miss Haut-Rhin 2011, Miss Alsace 2011 puis Miss France 2012. Elle est la 82e Miss France.
